按照现代西医学的分类，消化系统常见病种主要有以下一些病种：

一、食管疾病

常见的食管疾病有：胃食管反流病，食管癌、食管贲门失弛缓症。主要临床表现为咽下困难，胸骨后烧灼感、食管反流。

二、胃、十二指肠疾病

常见的胃、十二指肠病种有胃炎、消化性溃疡、胃癌、十二指肠炎等。主要症状为上腹部不适、疼痛、厌食、恶心、呕吐、嗳气、反酸等。

三、小肠疾病

常见的小肠疾病病种有：急性肠炎（包括病毒性肠炎）、肠结核、急性出血性坏死性肠炎、克罗恩（Crohn）病、吸收不良综合症等。主要表现为肚脐周围腹痛、腹胀和腹泻，粪便呈糊状或水样，当发生消化或吸收障碍时，则更含消化不完全的食物成分，可伴有全身性营养缺乏的表现。

四、结肠疾病

常见的结肠疾病病种有痢疾和各种结肠炎、肠易激综合症、溃疡性结肠炎、结肠癌、直肠癌等。主要症状有下腹部一侧或双侧疼痛，腹泻或便秘，黏液、脓血便，累及直肠时有里急后重等现象。

五、肝脏疾病

常见的肝脏疾病病种有病毒性肝炎、非酒精性脂肪性肝病、酒精性肝病、自身免疫性肝病、遗传学肝病、药物性肝病、肝脓肿、各种病因引起的肝硬化、原发性和继发性肝癌等。主要临床表现为肝区不适或疼痛、乏力，体征为肝大、肝区压痛、黄疸、门静脉高压征和营养代谢障碍等。

六、胆道疾病

常见的胆道疾病病种有胆石症、胆囊炎、胆管炎、胆道蛔虫症等。主要临床表现为右上腹疼痛（胆绞痛）和黄疸。

七、胰腺疾病

常见的胰腺疾病病种有急性胰腺炎、慢性胰腺炎和胰腺癌。主要的临床表现为上腹部疼痛（可向腰背部放射）和胰腺分泌障碍引起的小肠吸收不良和代谢紊乱。

八、腹膜、肠系膜疾病

常见的腹膜与肠系膜疾病病种有急性腹膜炎、慢性腹膜炎、肠系膜淋巴结结核、腹膜转移癌等。腹膜疾病的主要表现为腹痛与压痛、腹部抵抗感和腹水等。