在这篇文章中，秦昌遇首先将胃脘痛与心包络痛（即现代医学中所说的心绞痛）区分开，因为二者疼痛的部位很相似，所以容易混淆。秦昌遇说：“大抵痛而能饮食者，心包络痛也；痛而不能饮食者，胃脘痛也。”这种区分方法较为科学，心绞痛并不影响食欲，胃脘痛影响食欲。
接着秦昌遇又将胃脘痛分为外感胃脘痛（由风寒或暑热引起）与内伤胃脘痛。这种分类法也很科学，外感胃脘痛大都属于急性肠胃病，内伤胃脘痛大多属于慢性胃病。
秦昌遇认为，“向无此症，偶值时令暴寒，心下痛，恶寒厥冷，二便清利，口吐冷沫，此寒邪入胃，凝结痰饮食积，卒然暴痛之症也。若时令暴热，心下忽绞痛，手足虽冷，头额多汗，身虽恶寒，口燥舌干，大便虽泻，溺色黄赤，此湿热所伤之症也。”
秦昌遇进一步指出外感胃脘痛的病因为：“其人中气向寒，偶触时令之寒，则寒凝胃口而痛。若内有积热，外遇湿热，二热蒸酿则热壅胃口，亦成胃痛之症。”外感胃脘痛的脉“或见浮紧，寒邪在表。或见沉弦，寒邪入里。或见浮数，表有热邪。或见沉数，里有热结。”
秦昌遇总结的外感胃脘痛，大抵相当于今天我们所说的病毒或细菌感染引起的急性肠胃炎。天气极寒或极热之时，病毒和细菌猖獗，人的免疫力也低，感染病菌后，容易出现消化道症状，胃痛，有时甚至腹泻，伴发热或不发热等症状。这种胃脘痛属于急性病，应遵循急性病治疗的原则。
秦氏将此急性胃脘痛分成寒痛与热痛两种，寒痛用五积散表里同治，既消内痛，亦散风寒。风寒散后，再用温胃汤调理。热痛用神术平胃散以清外热，再用清中汤以清里热。
五积散由白茯苓、陈皮、半夏、甘草、川芎、白芷、枳壳、厚朴、苍术、麻黄、干姜、肉桂、桔梗组成。
温胃汤由厚朴、砂仁、甘草、陈皮、干姜、白豆蔻、黄芪、人参、姜黄、益智仁组成。
神术平胃散由苍术、防风、甘草、石膏、知母、厚朴、陈皮组成。
清中汤由黄连、山栀子、草豆蔻、半夏、陈皮、白茯苓、甘草组成。
秦氏处方，皆未注明用量，意在由医者根据患者的情况决定用量。
根据笔者的经验，五积散和清胃汤较适合用于病毒性感染引起的胃脘痛，神术平胃散和清中汤较适合用于细菌性感染引起的胃脘痛，尤其清中汤是以黄连和栀子为主的方剂，黄连素是治疗细菌性肠胃炎的主要药物。
秦昌遇接着又将内伤胃脘痛分门别类。内伤胃脘痛总的特点是患者并非因为外感六淫所致，而是慢性疾病。内伤胃脘痛可又分食积症、痰饮痛、积热作痛、积冷作痛、气滞痛、死血痛、虫积痛等七种。
食积痛的特点是偶尔为饮食所伤，引发胸前闷痛，此疼痛甚至会牵连到背痛，食积痛应用三棱丸治疗。
痰饮痛的特点是痛且有痰，多因脾胃素弱，日饮水谷，不能消受，停滞于中脘，渐成痰饮。痰饮痛以二陈汤、导痰汤治疗，严重者可用滚痰丸治疗。
二陈汤方：半夏、茯苓、橘红、炙甘草、乌梅，中成药二陈丸即是根据二陈汤配方所制。
导痰汤方：半夏、橘红、茯苓、枳实、天南星、炙甘草。
滚痰丸即中成药礞石滚痰丸，此为处方药，需要医生开出处方才能买到。
积热作痛者，多由七情六欲之火过盛，又加上膏粱厚味和烧烤、腌制类食物吃多了，所以才会积热生燥火。积热痛的患者呈阵发性发作的特点，发作时口渴唇燥，痛则多汗。积热作痛用栀连清胃汤治疗，有便秘等现象者，用神芎丸。栀连清胃汤组成为栀子、黄连、黄芩、生地、牡丹皮、当归、升麻；神芎丸组成为：大黄、黄芩、黑牵牛子、滑石、薄荷、川芎。
积冷作痛者多因胃阳不足，冷饮内伤，导致阴寒凝结。积冷作痛者大小便清利，手足逆冷，口吐涎沫，遇冷饮加剧。此类胃脘痛用豆蔻丸治疗，豆蔻丸由草豆蔻、吴茱萸、益智仁、青皮、姜黄、麦芽、神曲、半夏、甘草组成。
气滞痛多由病人素好生气或忧思较多引起，恚怒与忧思均容易导致气机紊乱，时日一久，便酿成气滞型胃脘痛。气滞痛用苏子降气汤治疗，苏子降气汤由紫苏子、半夏、当归、甘草、前胡、厚朴、肉桂组成。
死血痛的特点是遇气即发，攻注作痛，日轻夜重，病人因疼痛而哼哼唧唧，遇寒加重，得热暂缓。此因病人血分素热，又喜辛辣之物，所以阴血有伤，停积于中，日久便成死血之痛。
死血之痛，按压胃脘有块，而且疼痛经常发作，无有休止的时候者，多属现代医学中的胃癌，中医称之为癖积痛，秦昌遇推荐的药为其家秘消坚散（由三棱、莪术、槟榔、枳实、香附、海浮石组成）。如果癖积发生在上部，在家秘消坚散的基础上加苍术、厚朴；发生在下部，则加青皮、枳壳。
如果疼痛一到夜晚或受寒就严重，按压腹部有抵触感，或饮食入胃仅能从半边而下，这也是瘀血所致的疼痛，这可能是现代医学中的贲门癌。此类患者的治疗，先用三棱丸，而后再用桃仁承气汤或红花桃仁汤。
红花桃仁汤：红花、桃仁、归尾、赤芍、泽兰叶、山楂肉、丹皮、栀子。
虫积痛多由寄生虫引起，患者常呕吐清水，脸上有白斑，唇红能食，有时甚至会吐出蛔虫。这类疾病现在已经很少见，秦昌遇治疗虫积同用万应丸。
万应丸方：麦芽、神曲、雷丸、陈皮、甘草、三棱、莪术、槟榔、芜荑、鹤虱、使君子。此方中许多药有驱虫作用，但也有毒，现多以驱虫药代之。
此外，秦氏还有家秘保和散，专治饮食即痛，常常嗳气，此属消化不良引起的胃脘痛。家秘保和散方：苍术、厚朴、半夏、陈皮、枳壳、麦芽、山楂肉、香附、槟榔、干葛、莱菔子，共为细末，多冲萝卜汁，竹沥拌湿，晒干研细末，白开水送服。