四神丸出自《医方集解》，由补骨脂、五味子、肉豆蔻、吴茱萸等四味药和生姜及红枣肉组成，治疗脾肾虚寒所致的五更泄泻，不思饮食，食不消化，或腹痛肢冷，神疲乏力，舌质淡苔薄白，脉沉迟无力。因为疗效确切，所以现代制药企业将其做成中成药出售，很多药店和网上药店可买到。

《中华人民共和国药典》2010年版一部公布的四神丸的配方为：补骨脂400g，肉豆蔻200g，五味子200g，吴茱萸100g，红枣50枚（去核），生姜200g，共制成丸剂。成品为浅褐色或褐色水丸，气微香，味苦、咸而带酸、辛。成人每次服用9克，每日1-2次。

四神丸临床主要用于治疗腹泻，治疗“五更泄泻”的效果非常明显。本方重用补骨脂，补骨脂辛苦温，中医认为它既可补命门之火，又能温养脾土，《本草纲目》称其有“治肾泄”的功效；肉豆蔻味辛性温，中医认为它有温脾暖胃，涩肠止泻的功效；五味子酸温，中医认为其有固肾益气，涩精止泻的功效；吴茱萸属辛苦大热之药，中医认为其有温暖脾胃，以散阴寒的功效；大枣补脾养胃，生姜温胃散寒。这六者合用，对肾阳虚衰的五更泄泻有很好的疗效。

癌症患者很容易出现腹泻，医学上将之称为癌症相关性腹泻，癌症患者的腹泻可由癌症本身引起，比如肠癌患者就会出现腹泻的症状，也可由各种治疗引起，比如手术、放化疗或靶向治疗的患者也容易出现腹泻。四神丸治疗癌症相关性腹泻也有一定的疗效，无论是口服，还是将四神丸碾成粉末，外敷在肚脐上，都有一定的止泻效果。

现代药理学研究发现四神丸对药物所致的腹泻和肠道菌群失调引起的腹泻均有较好的治疗效果，对家兔离体肠管的自发活动有明显的抑制作用，还能对抗乙酰胆碱和氯化钡引起的肠痉挛。所以四神丸也常用于治疗非特异性肠炎、溃疡性结肠炎和肠结核等疾病。四神丸除了能治疗腹泻，也能治疗肾阳虚衰的尿频。​

四神丸临床以黎明泄泻、大便溏稀、完谷不化、小便清长、脉沉迟无力，腰酸肢冷等传统中医认为的肾阳虚证为辨证重点。对湿热下注型的腹泻无效，湿热下注型的腹泻常伴随有尿黄尿短、小便淋沥不畅等症状，这类患者的治疗当以黄连剂为主，用四神丸反而会导致其症状加重。所以选药用方时，需要仔细辨别患者属于何种症候。