人的消化系统包食管、胃、肠、肝、胆、胰等脏器，消化系统疾病是指以上器官出现的器质性或功能性疾病，消化道疾病十分常见，中国历来有“十胃九病”的谚语，民间俗谚中的胃所指的范围很广，实际上俗谚中的胃病是包括胃肠和肝胆胰等多器官疾病在内的。胃肠病和肝病引起的负担占所有疾病的十分之一，在我国，胃癌和肝癌分别是恶性肿瘤患者死亡的第二位和第三位原因。

胃肠道的主要生理功能是摄取、转运和消化食物，吸收营养并排泄废物。食物从口腔经食道进入胃以后，在胃肠道经过一系列的消化分解过程，成为小分子物质，被肠道吸收，再经肝脏加工，变成人体需要的各种物质，经血液等运行到人体各个组织，维持人的生命的正常运转，食物中未被吸收的部分或者食物中无效的残渣会构成粪便，从人体排出。如果消化道中的一环或者几环出现问题，人体吸收营养、生成人体必须的物质的能力就会受到影响，影响到人体健康。

由胰腺、胃肠腺分泌的水解酶，肝脏分泌的胆汁以及肠道菌霉组成的酶促反应是食物在消化道分解和生成人体必需物质的主要过程，已经消化的营养成分的吸收需要结构和功能完整的肠粘膜上皮细胞。肠粘膜上皮吸收功能不全和平滑肌收缩功能异常是引起胃肠道疾病的主要病理过程。先天性和后天性酶缺乏、肠粘膜炎性病变和肿瘤性疾病、小肠内细菌生长（ 盲袢综合征）使胆盐分解而失去消化脂肪的作用，肠段切除过多（短肠综合症）丧失大量黏膜吸收面积等是造成消化和吸收不良的主要原因。

消化道的活动受自主神经支配，交感兴奋可倒置胃肠动力的变化，迷走神经受损可引起胃十二指肠对扩张的异常敏感性。丘脑下部是自主神经的皮质下中枢，也是联络大肠与低位中枢的重要环节。所以消化道疾病与人的情绪息息相关，俗话说的肠胃是情绪器官，是不无道理的。消化道还有肠神经系统（enteric nervous ststem,ENS)，可以不依赖中枢神经系统毒理行使功能，这种肠神经系统被称之为“肠之脑”。ENS可直接接受胃肠道腔内各种信号，被激活后分泌的神经递质为多肽分子，如P物质、阿片类多肽、生长抑素、常血管活性肽等。ENS有许多反射经路，同时也受中枢神经的调节（脑-肠轴），它在调控胃肠道的运动、分泌、血液和水及电解质转运上都有中药作用。中枢神经系统、自主神经系统和ENS的完整性以及它们之间的协调对于胃肠动力的调节起重要作用。

各种精神因素，尤其是长期高度紧张可以干扰高级神经的正常活动，造成脑－肠轴的紊乱，引起内脏感觉过敏，劲儿引起胃肠道功能的紊乱。

胃肠道激素（亦名胃肠肽，来源于胃肠道内分泌细胞和神经细胞的小分子活性物质和多肽，其公用是传递神经信息）对于维持消化道正常生理功能是不可缺少的，胃肠激素互相之间、胃肠激素与胃肠道各种细胞、组织、器官之间相互协调才能维持生理功能，一旦这种平衡被打破，就可以引起疾病。胃肠道的神经分泌的失衡有可能是导致一些症状综合症，如肠道易激惹综合症（肠易激综合症）、功能性消化不良等功能性疾病的病因。此外，肠免疫系统坑内在系统性自身免疫性疾病和免疫耐受的发展中起重要作用。

胃肠道相关淋巴组织是常见的黏膜相关淋巴组织的一部分，可识别进入胃肠道的抗原，鉴别哪些抗原应忽视，哪些会引起免疫反应。由于消化道直接开口于体外，接纳体外物质种类最多，所以消化道黏膜接触到病原体、致癌物质、毒性物质的机会较多，在免疫及其他防御功能减弱的情况下，容易发生感染、炎症、损伤。消化系统肿瘤的发病率较高也可能与此有关。胃癌、食管癌、肝癌、结肠癌、胰腺癌均是常见的恶性肿瘤，在全身恶性肿瘤中占很大的比例。胃肠道与肝含有大量单核巨噬细胞，构成消化道的免疫保护屏障，保护消化道不受外来致病因子的侵袭，当这种功能受损时即出现相应的疾病。胃肠道微生态环境的正常对维持人的健康状况、抵御外来微生物的侵害、防止疾病的发生具有重要的意义。

肝脏是体内碳水化合物、蛋白质、脂质、维生素合成代谢的重要器官，通过各种复杂的酶促反应而运转，一旦干细胞受损停止工作或由于酶的缺失均可引起疾病。肝脏又是人体解毒器官，肝脏摄取、结核、转运、分泌和排泄胆红素，任何一环的障碍均可引起黄疸。肝是胆汁生成的场所，各种原因引起胆汁酸合成、转运、分泌、排泄的障碍均可引起胆汁淤积性肝病和脂溶性维生素缺乏。药物在肝内的带血主要是通过干细胞光面内质网上的微粒体内以细胞素P450为主的一些列药酶的作用。肝在药物药代动力学中起重要作用。反过来药物及其代谢产物也可引起肝损伤，导致药物性肝病。