戊己丸出自《中华人民共和国药典》一部2005年版，该方组成为黄连300g，吴茱萸（制）50g，白芍（炒）300g。将以上3味，粉碎成细粉，过筛，混匀，水泛为丸，干燥，即得。

根据传统中医理论，戊己丸有泻肝火、和脾胃的功效，主治肝胃不和，口苦嘈杂，呕吐吞酸，腹痛泻痢。以上症状与现代的反流性食管炎、胃酸过多、胃炎、急性肠炎等疾病的临床症状相似。

戊己丸是在左金丸（ 由黄连和吴茱萸组成）的方子上，加味白芍而成的。左金丸中的黄连与吴茱萸的比例为六比一，戊己丸保留了这一比例。左金丸主治肝火犯胃，嘈杂吞酸，呕吐胁痛，筋疝痞结，霍乱转筋，是中医治疗急性消化道感染的一种常用药。

左金丸中的黄连有广谱的抗菌消炎作用，对多种病菌所致的消化道疾病都有一定的治疗作用。吴茱萸则有温中止呕的功效，可缓解消化道疾病引起的呕吐症状。但左金丸中缺乏止痛的白芍，故左金丸止痛的效果不如戊己丸。中医认为白芍有柔肝止痛的功效，现代药理研究显示白芍中所含的白芍总苷确有较好的抗炎镇痛作用，对平滑肌有一定的抑制作用。

戊己丸在左金丸的基础上所做的这点改进，增加了戊己丸的临床疗效，因而也使之更适合消化道疾病患者服用。