牡蛎是一种美味的海鲜，牡蛎贝壳也是一种常用的中药。中药牡蛎虽然名为牡蛎，实为牡蛎的贝壳，目前中药材市场中的牡蛎主要为牡蛎科牡蛎属动物近江牡蛎、长牡蛎及大连湾牡蛎的贝壳。
中医最早的本草著作《神农本草经》中就收录了牡蛎，认为牡蛎“味咸，平…….，主伤寒寒热，温疟洒洒，惊恚怒气，除拘缓鼠瘘，女子带下赤白。久服强筋骨，杀邪鬼，延年”。
《神农本草经》认为牡蛎久服能延年益寿，但实际上牡蛎肉可以常吃，牡蛎贝壳却是不宜多服久服的，因为牡蛎贝壳的主要成分为碳酸钙，多服久服容易引起便秘和消化不良。
牡蛎贝壳中碳酸钙的含量超过90%，并含硫酸钙和磷酸钙，牡蛎贝壳还含有少量的镁、钠、锶、铁、铝、硅，微量的钛、锰、钡、铜、锌、钾、磷、镍等元素，此外还含有蛋白质，水解液中含有天冬氨酸、甘氨酸、谷氨酸等十余种氨基酸。
中药材市场中售卖的牡蛎有生牡蛎和煅牡蛎，煅牡蛎是将生牡蛎除去杂质后在炉火上烤至灰白色（炉火温度需达到900摄氏度，煅烧时间一小时左右）。牡蛎经煅制后，不再存在蛋白质，但微量元素含量增加，碳酸钙在煅烧的过程中也会分解为氧化钙，所以生牡蛎和煅牡蛎的功效不完全一致。
煅牡蛎偏于收敛固涩、制酸止痛，主治自汗、盗汗、遗精、崩漏、带下等病。煅牡蛎是一味抗溃疡作用很强的中药，抗溃疡的有效率可以达到94.8%，生牡蛎抗溃疡的有效率则远不如煅牡蛎。煅牡蛎可以使实验动物胃液分泌量减少， pH值降低，胃蛋白酶活性降低。所以胃酸过多引起的胃痛可用煅牡蛎。
生牡蛎则偏于重镇安神，平肝潜阳，软坚散结，补阴固涩。
生牡蛎是中医治疗肿瘤性疾病的一味重要药物，中医抗肿瘤名方消瘰丸（成分为玄参、浙贝母、生牡蛎）中即含有生牡蛎。中医用牡蛎治疗甲状腺瘤、淋巴瘤、乳腺癌、胃癌、肝癌、肠癌、肺癌、神经系统肿瘤等各种癌症。
中医认为生牡蛎软坚散结，现代药理学研究显示，牡蛎提取物对人结肠癌Love细胞株和小鼠肝癌均有明显的抑制作用。而且能增强宿主免疫功能，特别是增强天然杀伤细胞（NK细胞）活性，牡蛎可通过增强宿主免疫系统功能抑制肿瘤的生长。此外，牡蛎天然活性肽（BPO）也能有效抑制胃癌BGC-823细胞增殖活动，诱导癌细胞在G1期凋亡。
生牡蛎也是中医治疗高血压和动脉粥样硬化的一味重要用药，中医将牡蛎的这一功效概括为平肝潜阳、重镇安神。高血压和动脉粥样硬化引起的眩晕、耳鸣、失眠、心悸、惊厥等，用生牡蛎治疗效果较好。桂枝加龙骨牡蛎汤、柴胡加龙骨牡蛎汤等名方均为中医治疗心血管和神经系统疾病的常用方。
动物实验显示，用牡蛎提取物按10g/kg的量胃内连续给药8星期后，鹌鹑主动脉、冠状动脉内膜动脉粥样硬化斑块形成的程度明显减轻，血浆总胆固醇、三酰甘油、低密度脂蛋白胆固醇和载脂蛋白B水平也明显降低。研究发现，牡蛎短肽具有很强的血管紧张素（ACE）抑制活性，用中成药金牡蛎胶囊治疗高脂血症，患者的胆固醇和甘油三酯的含量明显下降，有显著疗效。
新冠病毒主要与人细胞的血管紧张素2（ACE2）受体相结合，感染新冠病毒后，很多人出现主动脉、冠状动脉粥样硬化斑块，导致高血脂、高血糖和高血压等三高疾病。按照药理推断，牡蛎对新冠后遗症是有一定的疗效的。
牡蛎含有的谷胱甘肽还有保护肝脏的作用，现代医学治疗药物性肝损伤、酒精肝和肝炎病毒造成的肝损伤，主要用药就是谷胱甘肽。所以用牡蛎的提取物治疗患者的疾病时，兼有一定的保肝作用。患者食用新鲜牡蛎肉也能达到护肝、延缓衰老和抗疲劳的作用。牡蛎提取物还有一定的降血糖作用。
中医认为生牡蛎还有滋阴、涩肠和清热作用，《温病条辨》中的一甲煎就是单用生牡蛎治疗温病用攻下法后，阴伤并有便溏症状，且脉数者。此方单用生牡蛎二两（今60g），研细，水煎服（1.5升水煎至500ml左右），此方既能止泻，又能清热。