早在西汉时期，海外的香料和药材就源源不断地从丝绸之路和海上输入我国，这些香料和药材也渐渐地被我国医生们接纳，最终汇入中国医药大家庭，成为中药资源库中的一员。这类药被统称为“海药”，意谓其皆从海外来。五代时期的李珣还专门编写了一本《海药本草》，收录各类海外和南蛮地区的药物。可见我国医药学界一直都不固步自封，对来自异域的药物很重视。
肉豆蔻就是海外输入中国的药材之一，我国西晋时期就有肉豆蔻的文字记载，西晋郭义恭《广志》记载了肉豆蔻，并且指出肉豆蔻“生泰国及昆仑”。这个记载略有错误，肉豆蔻是一种热带或亚热带植物，主产于马来西亚及印度尼西亚、西印度群岛、斯里兰卡等地，我国台湾、广东、云南等地也有引种，但是产量不高。直到现在，药用的肉豆蔻基本上还是靠进口。我国古代的昆仑地区不大可能出产肉豆蔻。但肉豆蔻这类香料最早进入中国，的确经由西北地区的丝绸之路，所以可能郭义恭道听途说，误认为昆仑亦产肉豆蔻。
药用的肉豆蔻是肉豆蔻科植物肉豆蔻的种仁，肉豆蔻最初进入中国，并非被当作药材引进，而是被当作香料引进。在食物中加入肉豆蔻或者肉豆蔻的粉末，可以使食物味道更香，也更美味，并能提升人的消化能力。除此之外，肉豆蔻还表现出良好的止痛、止呕和止泻的功能。
所以中国医生们很快就把肉豆蔻纳入到中药体系之中，并根据中医理论，将其性味归经归纳为味辛、微苦，性温，归脾、胃、大肠经，认为肉豆蔻有温中涩肠，行气消食的功效，主治虚泻、冷痢、脘腹胀痛、食少呕吐、宿食不消。肉豆蔻也进入了中国本草类著作之中，不但李珣的《海药本草》收录了它，还有大量的其他医药类书籍也收录了它，如《开宝本草》《外台秘要》《汤液本草》《药性论》《本草新编》等。《开宝本草》指出肉豆蔻：“其形圆小，皮紫紧薄，中肉辛辣。生胡国，胡名迦拘勒”。当时的胡商携带肉豆蔻到中国来换取中国的丝绸和陶瓷制品，从中谋利。
虽然肉豆蔻是一个地地道道的“舶来品”（陈藏器谓其“大舶来即有，中国无”），但经过中国历代医家的研究和应用，肉豆蔻的应用早已本土化，非常具有中国特色。历代中医对其药性已有深入的认识和精到的论述，并通过中医药的配伍理论，用肉豆蔻与其他中药组合出许多经典的名方。比如止泻中成药“四神丸”，就是由肉豆蔻、补骨脂、五味子、吴茱萸等四味药组成的，该药治疗脾脏久冷所致的滑泄不止及五更泄等有卓著的疗效。
传统中医主要将肉豆蔻用于健脾止泻，治疗各种各样的消化不良症，但也认识到肉豆蔻对湿热泄痢及阴虚火旺的患者非但无益，反而有害。《本草从新》这样概括其作用：“疗心腹胀痛，止霍乱，理脾胃虚寒，能消宿食，专温补心包之火，故又入檀中与胃经也。但能止下寒之泻，而不能止下热之痢。”可见古代医生对肉豆蔻的适应症和禁忌症已经有明确的认识。但也有医生认为，只要配伍得当，肉豆蔻也可用于湿热痢疾的治疗，如《叶氏录验方》就以肉豆蔻配伍苦寒的黄连，治疗脏腑虚寒而又肠道湿热不清所致的赤白痢下。
大多数中医还是认为肉豆蔻应以治疗虚寒泄痢为主。治疗虚寒泄痢，肉豆蔻可以与健脾的人参、白术、山药、扁豆、薏苡仁、甘草等配伍，也可以与理气的厚朴、木香、砂仁、橘皮配伍，还可以与消导药麦芽、山楂、莱菔子、神曲等配伍；若患者虚寒较甚，则以肉豆蔻配伍附子、肉桂、生姜、干姜、高良姜、丁香、胡椒等；腹泻兼腹痛者，尚可与罂粟壳、白芍、乌贼骨等配伍。
肉豆蔻的用量向来都较少，一般不如汤剂，而是用来做丸散膏丹。这一方面与肉豆蔻是进口药材，价格较贵有关，另一方面也与肉豆蔻的毒性有关，肉豆蔻用多了也会引起服用者中毒。有研究显示，人服用肉豆蔻粉7.5g，可引起眩晕、惊厥、瞳孔散大，甚至谵语、昏迷，更大量则能致死。
现代药理研究显示肉豆蔻对胃肠平滑肌有兴奋作用，还有抗炎和镇静作用。另有一些研究显示肉豆蔻有一定的抗肿瘤作用，动物实验显示肉豆蔻对3－甲基胆蒽烯诱发的小鼠子宫颈癌有一定的抑制作用，对二甲基苯并蒽诱发的小鼠皮肤乳头状瘤也有明显的抑制作用。
癌症患者在化疗、放疗或靶向治疗过程中出现顽固性腹泻，可以用肉豆蔻进行食疗，在饮食中加入少量肉豆蔻粉末，能起到止泻和改善胃口的作用。也可以用肉豆蔻制成的中成药四神丸、肉蔻四神丸等内服，治疗腹泻。